发酵原料的活性成分含量没有统一的法定检测方法，通行做法是按目标成分类别选择通用化学或仪器方法，并在供需双方之间统一固化，方法的可比性比方法本身更重要。
| 目标类别 | 常用方法 |
|---|---|
| 多糖类 | 苯酚硫酸法、蒽酮硫酸法等显色法 |
| 多酚类 | Folin-Ciocalteu 法、HPLC |
| 多肽/氨基酸 | 凯氏定氮、氨基酸分析、HPLC |
| 有机酸 | 滴定法、HPLC |
| 整体轮廓 | HPLC 或 GC 指纹图谱相似度 |
选方法的三个判断点：特异性（能否排除发酵液基质的干扰）、重复性（批内与批间偏差是否可接受）、可转移性（换实验室能否复现）。方法确定后应形成书面 SOP，明确样品前处理、对照品与计算方式。
优科观察：与其追求一个「真实含量」，不如先固定方法学，用相对量做批间监控往往更有意义。