化妆品发酵原料常用的菌种可以归为四大类，选择的基本逻辑是菌种代谢特征与底物组成的匹配，而不是简单地挑一个「好菌种」。
| 菌种类型 | 代谢特征 | 适配底物 |
|---|---|---|
| 酵母菌类 | 产多肽、氨基酸、核苷酸与 B 族维生素，富含营养性小分子 | 糖类基础培养基，也可转化植物水提液 |
| 乳酸菌类 | 产乳酸等有机酸及胞外多糖，代谢相对温和 | 糖蜜、谷物、果蔬类底物 |
| 双歧杆菌类 | 厌氧代谢，产有机酸与胞外多糖，产物谱偏温和 | 需严格控制厌氧环境的糖基体系 |
| 丝状真菌类 | 分泌胞外酶能力强，擅长降解植物细胞壁与转化大分子 | 富含纤维素、黄酮、多酚的植物基质 |
实际选型还要叠加三个条件：菌种须有可追溯的安全使用历史、能适应工业规模的培养条件、产物谱可被稳定检测。优科在筛选环节采用「一植物一菌株」的思路，即按植物底物的成分特征反推适配菌株，而不是用同一株菌套用所有植物；具体菌株信息因知识产权原因不对外披露。