可以使用，但门槛显著高于常规菌种，需要同时满足生物安全与化妆品原料两套要求。工程菌本身受生物安全相关法规约束，其发酵产物作为化妆品原料使用，还需按新原料路径完成注册或备案。
具体边界如下：一是研发与生产端的生物安全管理，基因修饰微生物的构建、保藏、使用与废弃物处置需遵守国家生物安全相关规定，实验室与生产条件须与操作等级匹配；二是原料端的准入，若目标产物未列入《已使用化妆品原料目录》，即属于新原料，其中具有防腐、防晒、着色、染发、祛斑美白功能的需经国务院药品监督管理部门注册，其他新原料实行备案管理，并设有 3 年监测期，备案人每年须提交安全监测年度报告；三是资料要求，需按《化妆品新原料注册备案资料管理规定》提交包括安全评估在内的相关资料。
实际选型时还应评估终端市场接受度与出口合规风险，不同地区对基因修饰来源成分的监管口径与标识要求存在差异。建议在项目立项前先完成法规路径确认，再投入工艺开发，避免中试完成后才发现准入路径不通。具体条款以现行有效版本为准。