微生物发酵的本质，是让选定的菌种在受控条件下以底物为营养源生长代谢，通过其分泌的酶系把底物分子改造成新结构，同时向体系释放代谢产物。
转化主要走三条路径：
- 酶解与转化——微生物分泌的糖苷酶、蛋白酶等切断或修饰植物中的糖苷与蛋白，生成更易被利用的小分子；
- 从头合成——菌体在生长过程中合成有机酸、多肽、多糖、维生素并分泌到胞外；
- 降解减毒——部分大分子或刺激性组分被分解，改变原料的整体温和度。
决定转化结果的变量包括菌种、底物组成、培养基、温度、pH、溶氧与发酵时长，任一变量漂移都会改变产物指纹。优科观察：植物发酵的关键不在“有没有发酵”，而在底物与菌种的适配性，这也是植物×发酵融合技术的核心难点，放大生产时还需解决批次一致性问题。