化妆品发酵常用的菌种可分为三大类，每类产生的代谢产物谱系不同，适用于不同功效方向：
1. 酵母菌类（Yeast）
代表菌种：酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）、半乳糖酵母（Galactomyces）、毕赤酵母（Pichia）。代谢产物：氨基酸、多肽、β-葡聚糖、谷胱甘肽、有机酸。功效特点：保湿、提亮、抗氧化、修护屏障。代表原料：二裂酵母发酵产物溶胞物、半乳糖酵母样菌发酵产物滤液。
2. 乳酸菌类（Lactic Acid Bacteria）
代表菌种：乳酸杆菌（Lactobacillus）、双歧杆菌（Bifidobacterium）、嗜热链球菌（Streptococcus thermophilus）。代谢产物：乳酸、细菌素、胞外多糖、短链脂肪酸。功效特点：调节微生态pH、舒缓、增强屏障、抑菌。代表原料：乳酸杆菌发酵产物、双歧杆菌发酵产物。
3. 芽孢杆菌类（Bacillus）
代表菌种：枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）、地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）。代谢产物：蛋白酶、淀粉酶、脂肽、聚谷氨酸。功效特点：温和角质调理、促进代谢、生物表面活性。代表原料：枯草芽孢杆菌发酵产物。
复合菌种发酵：部分高端原料采用2-3种菌种协同发酵，可产生更复杂的代谢产物谱系，实现多靶点功效。但工艺控制难度更大，需要精确的接种比例和时序控制。