「一植物一菌株」指的是按每种植物底物的成分特征反向匹配专属菌株，而不是用同一株菌套用所有植物。之所以不能通用，是因为植物基质之间的差异远超通常的预期。
具体原因有三层：一是碳氮源结构不同，有的植物富含多糖与蛋白质，有的以纤维素为主，菌株的胞外酶系统必须与之对应，否则无法有效利用底物；二是抑制物干扰，不少植物含挥发油、生物碱或高浓度多酚，本身具有抑菌性，未经适配的菌株可能生长受抑；三是转化目标不同，有的希望降解大分子提高溶出，有的希望把特定前体转化为目标小分子，所需的代谢通路完全不同。
因此优科的做法是把菌株筛选前置到原料筛选阶段：先分析植物底物的成分谱，再从候选菌株中筛选耐受力与转化能力匹配的一株，通过小试验证标志物提升幅度后进入中试。需要说明的是，筛选结果只能说明原料层面的转化效果，成品功效仍需单独评价。