发酵原料的微生物检测通常按原料企业标准或供需双方约定的验收标准执行，常规项目包括菌落总数、霉菌和酵母菌总数，以及致病菌控制。
- 检测项目：需氧菌总数、霉菌和酵母菌总数；致病菌如铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠菌群等按用途设定，一般要求不得检出。
- 检验方法：参照《化妆品安全技术规范》所载的微生物检验方法执行。
- 原料与成品的区别：原料层面执行企业标准或约定标准；成品层面必须符合《化妆品安全技术规范》的微生物指标，眼部、口唇及儿童化妆品要求更严，限值以现行版为准。
- 灭活不等于无菌：发酵原料常在末端做灭活与除菌过滤，仍需按项目检验。
验收时应索要 COA、微生物检验报告与灭活工艺说明，并关注储运条件与复检周期，开封后的原料更易受到二次污染。