发酵结束后需要通过分离纯化工艺去除菌体、杂质，富集目标活性成分，获得符合化妆品应用标准的原料。
常用分离纯化工艺：
1. 固液分离（去除菌体）：离心：高速离心去除菌体和大颗粒，适用于大多数发酵液。过滤：板框过滤、膜过滤，根据颗粒大小选择滤材孔径。微滤：0.1-1μm膜过滤，可去除细菌但保留小分子活性成分。
2. 除菌/灭菌：巴氏杀菌：60-80°C短时加热，灭活微生物但保留热敏活性。过滤除菌：0.22μm膜过滤，去除细菌但不过度加热。UHT：超高温瞬时灭菌，适合对热稳定的原料。
3. 浓缩与纯化：超滤：截留分子量>1kDa-100kDa的成分，去除小分子盐类和色素。纳滤：截留分子量>200Da，可用于脱盐和浓缩。反渗透：去除水分，实现浓缩。醇沉：加入乙醇沉淀多糖等大分子，实现分级分离。
4. 精制（可选）：活性炭脱色：去除色素和异味。离子交换：去除特定离子或富集带电成分。色谱分离：HPLC制备级分离高纯度单体成分。
工艺选择原则：化妆品级发酵原料通常不需要高度纯化，保留一定complexity有助于功效表达；过度纯化可能去除协同作用的微量成分；需平衡活性保留、成本、稳定性三者的关系。