化妆品发酵原料语境下的微生物代谢产物，主要指菌体生长过程中合成并释放到体系中的小分子与聚合物，以及菌体自身的构成成分。
常见类别有五类：有机酸类，如乳酸、乙酸、琥珀酸，参与pH调节与温和调理；肽与氨基酸类，由蛋白酶水解底物蛋白产生，与保湿舒缓相关；多糖类，胞外多糖提供成膜保湿，胞内多糖随溶胞释放；维生素与辅酶类，如B族维生素；核苷酸与细胞壁片段，主要存在于溶胞物中。
初级代谢产物在菌体生长期大量生成，次级代谢产物多在生长后期积累，因此发酵终点的判断会直接改变产物比例，文献中多以色谱、质谱手段表征这些物质。
需提醒：文献报道的代谢产物种类不等于某一具体原料中必然含有，实际组成取决于菌种、底物与工艺，采购时应索取成分分析数据，并以现行有效的检测方法为准。