定制菌种与工艺的归属没有法定默认规则，必须在合同中明确约定，常见有归委托方、归开发方、双方共有三种安排，具体取决于双方投入与谈判地位。
- 保密协议（NDA）：在技术交流前签署，覆盖功效方向、底物组合与工艺参数。
- 委托开发协议：约定开发目标、阶段验收、费用与风险分担。
- 知识产权条款：区分背景知识产权与新增知识产权，约定归属、使用范围与排他期限。
- 质量与供应协议：约定质量标准、供货责任与争议处理方式。
依据《中华人民共和国民法典》技术合同的一般原则，委托开发完成的成果归属可由当事人约定，因此不写进合同的预期通常难以主张。谈判时还应明确菌种保藏与实物交付、第三方使用限制、以及合作终止后的继续使用权，避免项目结束即失去原料来源。