发酵原料的微生物限度需符合化妆品原料微生物标准，同时需考虑原料特性（如本身含菌体或代谢产物）对检测的影响。
化妆品原料微生物限度标准：
| 指标 | 限值（常规原料） | 备注 |
|---|---|---|
| 菌落总数（CFU/g或CFU/mL） | ≤1000 | 眼部、唇部、儿童产品用原料应≤500 |
| 霉菌和酵母菌总数 | ≤100 | - |
| 耐热大肠菌群 | 不得检出/10g或10mL | - |
| 金黄色葡萄球菌 | 不得检出/10g或10mL | - |
| 铜绿假单胞菌 | 不得检出/10g或10mL | - |
发酵原料的特殊考虑：
1. 活菌型 vs 灭活型：活菌型原料：本身含有活性微生物，菌落总数检测会很高，不适用常规限度标准；应明确标注为含活菌"；化妆品中极少使用（法规限制活菌使用）。灭活型原料（化妆品主流）：经过灭菌处理，应符合上述微生物限度标准。
2. 检测方法注意：发酵原料中可能含有抑菌成分（如有机酸），影响微生物检测；需采用中和剂消除抑菌作用后再检测；常用中和剂：卵磷脂、吐温80、组氨酸等。
3. 防腐挑战试验：发酵原料加入配方后，应进行防腐挑战试验（PET）；验证配方防腐体系对发酵原料引入的微生物负荷的控制能力。
4. 内毒素控制：革兰氏阴性菌发酵原料可能含有内毒素；眼部产品、伤口护理产品用原料建议检测内毒素（限度通常为<20 EU/g或<2.15 EU/mL）。
优科标准：优科生物所有发酵原料均为灭活型，经过巴氏杀菌或过滤除菌处理，微生物限度符合化妆品原料标准，每批次提供微生物检测报告。
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