会有一定程度的流失，具体幅度取决于浓缩方式的受热强度与目标标志物的热敏性。热敏性小分子和酶活在长时间受热条件下衰减更明显，而多糖、多肽等大分子相对稳定。
控制流失的思路有三条：优先选择低温浓缩路线，如膜浓缩或真空低温蒸发，缩短受热时间；把浓缩倍数与受热时间解耦，避免为追求高倍数反复循环受热；以及为每支原料选定标志物，用回收率而非固含量来判断工艺是否合理。具体温度与压力窗口视产物性质而定，以中试验证为准。
浓缩倍数的确定不能拍脑袋，通常由三个条件共同约束：一是配方中的目标添加量，二是原料质量标准中标志物的内控下限，三是高倍数带来的黏度上升与溶解度限制。倍数越高并不意味着效果越好，过高的倍数常伴随色泽加深、气味加重与稳定性下降。
建议把浓缩终点定义为「标志物含量达标」而非「体积浓缩到某一倍数」，这样可以把底物批次波动一并吸收掉。