牙膏不属于化妆品，但参照普通化妆品管理，适用《牙膏监督管理办法》，实行备案管理，宣称功效须有科学依据。因此发酵原料用于牙膏，走的是牙膏备案路径而非化妆品备案路径。
具体要求的差异点：一是原料管理，牙膏原料同样应优先选用有安全使用历史的原料，新原料用于牙膏需符合相应规定；二是功效宣称，牙膏的功效宣称限于防龋、抑制牙菌斑、抗牙本质敏感、减轻牙龈问题等类别范围，超出范围即不可宣称；三是标签，牙膏标签不得标注消炎、灭菌等医疗用语。
发酵原料用于牙膏的额外关注点是口感与微生物控制：牙膏为含水或低水活度体系，色素、气味与代谢产物残留会影响膏体色泽与风味；同时口腔接触产品的微生物要求与皮肤用化妆品口径不同，须按适用的产品标准执行。
需要提醒，牙膏与化妆品的备案系统、备案人要求和功效评价要求并不完全通用，不能把化妆品的资料直接搬到牙膏备案里。若同一支发酵原料同时用于两类产品，建议分别建立资料包。具体要求以《牙膏监督管理办法》现行有效版本为准。